《天骄》第二季的开头透露了Peter(Milo Ventimiglia饰),Nathan(Adrian Pasdar饰) 和Matt(Greg Grunberg饰) 的命运，继而是与Sylar(Zachary Quinto饰)的大PK，还有Peter在纽约上空的失控核爆。在每个人都努力继续着各自的生活时，又一股新的邪恶力量开始跟踪并杀害英雄们。H.R.G(Jack Coleman饰)和Claire (Hayden Panettiere饰) 试着尽量不引起他人注意，与家人一同隐居在加州南部，然而说来容易做起来难。同时，Hiro(Masi Oka饰) 穿梭到了日本封建时代并见到了他的英雄Takezo Kensei (David Anders饰)。Maya (Dania Ramirez饰) 和 Alejandro Herrera (Shalim Ortiz饰) 这对孪生兄弟想要穿过边境从墨西哥到美国去寻求帮助，控制他们那致命的异能。　　　 又一名受害者出现后，Matt (Greg Grunberg饰)集合渺茫的希望来试图阻止对能力者的屠杀。 Claire(Hayden Panettiere饰)努力在加州新高中里掩饰她的愈合能力，却被一个同样藏有秘密的同学发现了。Niki (Ali Larter饰)和Micah (Noah Gray-Cabey饰)离开了拉斯维加斯以开始新的生活。Dr. Suresh (Sendhil Ramamurthy饰)开始了追查海地人（Jimmy Jean-Louis客串)的新任务。在穿越墨美边境时，Maya (Dania Ramirez饰) 和 Alejandro (Shalim Ortiz饰)的能力对自身周围的人构成了威胁。同时，Hiro (Masi Oka饰)在对他崇拜的Kensei (David Anders饰)感到失望之余， 决心纠正他在封建日本的出现对历史造成的一切破坏。而另一名迷失的英雄落入了一帮爱尔兰匪徒的手里，这些匪徒拥有关于他的过去的线索。